Depois de os esforços feitos por patriotas dominicanos para emancipar o país do domínio haitiano, numerosas ações militares ocorridas entre 1844 e 1856 acabaram por avigorar a república, como um novo estado. Os haitianos tentaram algumas vezes retornar a dominar a recém-criada república com resultados fracassadas, até que, em 1867, Haiti reconheceu a autonomia dominicana.
todavia, como a ocorrência da fronteira não ficou definida depois do encerramento do combate, Haiti continuou ocupando o planalto central, onde estão localizadas as cidades de Torcedor, Mogno, São Miguel da Torre de São Rafael de la Angostura. Depois do tratado de fronteira de 1936, a República Dominicana finalizou renunciando a estes territórios. Em 1801, Toussaint Louverture, líder da revolução haitiana, chegou a Santo Domingo e proclamou a abolição da escravidão em nome da República Francesa.
Pouco depois, Napoleão bonaparte enviou um exército que submeteu toda a ilha, e governou durante alguns meses. Após a derrota às mãos dos haitianos, uma pequena guarnição francesa permaneceu pela parcela oriental da ilha, região onde a escravidão foi restabelecida e que diversos dos imigrantes colonos espanhóis emigraram. Em 1805, após coroar-se imperador, Jean-Jacques Dessalines, que invadiu a quota oriental e chegou até a cidade de Santo Domingo, porém teve que recuar diante da resistência de um esquadrão naval francês.
Durante a tua retirada por intermédio do Cibao, os haitianos saquearam as cidades de Santiago e Moca, matando a maioria de seus moradores. Não obstante, as autoridades espanholas mostraram pouco interesse na sua colônia restaurada portanto que esse tempo da história é chamado de a Espanha Boba. Esse desleixo na colônia de Santo Domingo deveu-se à circunstância da Luta da Independência Espanhola contra os franceses e o processo de autonomia que surgiu em várias das colônias espanholas pela América.
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O esgotamento das riquezas da colônia provocou o desinteresse da metrópole para a criação de outras riquezas e bens. Paralelamente, os grandes pecuaristas chegaram a ter uma liderança robusto no sudeste, onde a “lei do facão” governou por um tempo.
A apenas nove semanas de Nuñez de Cáceres declarasse a autonomia, as forças armadas do Haiti dirigidas por Jean Pierre Boyer ocuparam o país. Isto se deveu, em enorme capacidade, ao escasso suporte internacional dado ao novo estado.